医药生物技术国家重点实验室依托于南京大学。一直以来，南京大学都以其独特的气质，不输于北京大学。医药生物技术国家重点实验室，咋听起来属于交叉学科，不仅与生物学有关，还和医药学有关。这是一个应用基础型的生物技术实验室，主要用分子生物学、生物化学和化学方法进行多肽药物的基因工程、蛋白质工程及相关重要技术以及天然产物的应用基础研究，换言之，就是研究生物药物，而不是化学药物。主要研究多肽药物的基因工程和蛋白质工程，新生物活性物质的结构、功能研究和开发，新的药物靶点、疾病的分子机制和动物模型，以及免疫病理学与免疫药理学等。该实验室较突出的成绩是在蛋白质工程，已经取得重大进展。